L'histoire début dans un monde basé sur l'échange équivalent, qui est la base même de l'alchimie. L'alchimie est une science. Tout commence par la mort de Trisha Elric, la mère de Edward Elric et Alphonse Elric, sa mort les a poussé dans le désespoir, au point de faire une transmutation humaine qui est interdit. Mais les frères le firent quand même, le résultat fut attendu, leur mère n'était pas là, mais il se trouvait à la place, une monstruosité qui n'était certainement pas humain. Après l'incident, Ed se trouva avec un bras et une jambe en moins, bien vite remplacé par des auto-mails et Al n'avait plus de corps, se trouvant maintenant dans une armure. Edward rejoint l'armée en tant qu'alchimiste d'état, sous le nom de Fullmetal Alchemist, dans le but de rendre le corps de son frère, grâce à la pierre philosophale. Mais...certains contre-temps surgiront bien vite...
L'histoire de Fullmetal Alchemist Brotherhood est la même, cependant, l'auteure a modifié certaines choses pour rendre l'anime beaucoup plus fidèle au manga. Même si une personne a déjà vu la première version de l'anime, cela reste toujours un plaisir à regarder.